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免疫共沉淀 【技術(shù)簡介】 （1）技術(shù)原理 免疫共沉淀：免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法，是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質(zhì)X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)Y也能沉淀下來。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。 （2）技術(shù)應(yīng)用 篩選調(diào)控蛋白在基因組上的結(jié)合靶點：針對轉(zhuǎn)錄因子、DNA/RNA 聚合酶、轉(zhuǎn)錄復(fù)合物等調(diào)控因子蛋白進行特異性的富集，分離純化與之結(jié)合的靶 DNA 片段并測序，分析篩選到準確有效的靶位點、靶基因數(shù)據(jù)；揭示差異化表觀遺傳變異的原理：通過對不同表型組織內(nèi)組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子蛋白及其他結(jié)合蛋白進行染色質(zhì)免疫共沉淀測序并定量分析靶基因表達調(diào)控水平或針對同種組蛋白進行甲基化、磷酸化、泛素化修飾所導(dǎo)致的結(jié)合位點變異進行分析，即可準確揭示差異化表觀變異原理；研究表觀遺傳變異疾病：借助染色質(zhì)免疫共沉淀測序技術(shù)結(jié)合生物信息分析揭示由蛋白與 DNA 相互作用變異而引起的疾病的原理，明確表觀遺傳修飾在癌癥等表觀遺傳變異疾病的發(fā)生發(fā)展過程中的具體作用機制。 【服務(wù)內(nèi)容】 蛋白質(zhì)抽取與定量；SDS-PAGE分離Co-IP產(chǎn)物；Co-IP實驗（以normal lgG作為對照）；western blot或質(zhì)譜鑒定。 【客戶須知及標本要求】 （1）客戶須明確檢測目的和具體要求，最好能提供1~2篇文獻或資料。 （2）客戶需提供待檢測樣品、免疫沉淀用抗體和WB檢測用抗體（抗體也可由我們代購）； （3）待檢測樣品可以是直接的待檢測蛋白樣品，也可以是細胞、組織或細菌樣品，但需收取蛋白抽提費用。樣本收集后應(yīng)立-80℃保存； （4）免疫沉淀盡量提供未經(jīng)凍存的新鮮蛋白樣品。
MeDIP-Seq DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的熱點研究領(lǐng)域，在調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄、傳遞基因組印記、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、調(diào)控胚胎發(fā)育以及腫瘤等疾病發(fā)生中發(fā)揮關(guān)鍵作用。 甲基化DNA免疫共沉淀測序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP-Seq）通過5’-甲基胞嘧啶抗體富集高甲基化的DNA片段，然后將富集后的DNA進行高通量測序。該技術(shù)不受物種和基因組區(qū)域的限制，是全面且深入理解表觀遺傳調(diào)控的重要工具。通過MeDIP-Seq快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。 1、 實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：推薦20M clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）精確度高：在其覆蓋范圍內(nèi)可達到單堿基分辨率； （2）重復(fù)性好：多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性好，適用于多樣本間的差異分析； （3）檢測范圍廣：覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過百萬級CpG位點個數(shù)； （4）高性價比：相比于WGBS，采用MeDIP-Seq通過抗體富集高甲基化區(qū)域進行測序，有效降低測序費用。 3、數(shù)據(jù)分析 3.1 標準信息分析 （1）MeDIP-Seq序列與參考序列比對； （2）統(tǒng)計reads在全基因組的分布情況； （3）統(tǒng)計reads在CpG區(qū)域的分布情況； （4）統(tǒng)計reads在不同功能元件區(qū)域（Promoter，UTR，Exon，Intron）的分布情況； （5）統(tǒng)計reads在不同GC含量區(qū)域中的分布情況； （6）統(tǒng)計序列富集區(qū)域（peak）； （7）統(tǒng)計與peak相關(guān)的基因； （8）統(tǒng)計peak在不同功能元件區(qū)域（Promoter，UTR，Exon，Intron）的分布情況； （9）多樣本peak差異分析及差異peak相關(guān)基因注釋、GO分類和pathway顯著性富集分析； 3.2 高級信息分析 （1）與表達譜進行關(guān)聯(lián)分析，預(yù)測甲基化調(diào)控基因（需有表達譜數(shù)據(jù)）； （2）MeDIP-Seq數(shù)據(jù)可視化分析：生成Genome Browser可以導(dǎo)入的文件。 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）可塑性基因的DNA甲基化變化伴隨著記憶的塑造和維持 形成記憶的能力是一個有機體的行為適應(yīng)環(huán)境變化的先決條件。在分子水平上，記憶的獲得和保持需要在染色質(zhì)方面修飾。為了解開表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)下的短期和長期記憶，德國退行性神經(jīng)疾病研究中心（DZNE）小組成員研究了在兩個截然不同的老鼠大腦區(qū)域...
全基因組甲基化測序 甲基化是基因表達的主要調(diào)控方式之一，它在維持細胞正常功能、傳遞基因組印記，胚胎發(fā)育、腫瘤發(fā)生等方面起著至關(guān)重要的作用，更是表觀遺傳學(xué)研究的熱點。 全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽處理和Illumina HiSeq 高通量測序平臺相結(jié)合，能夠繪制單堿基分辨率的DNA甲基化圖譜。用標準bisμlfite方法處理DNA后，未甲基化的胞嘧啶C會脫氨基形成尿嘧啶U。經(jīng)過PCR擴增，尿嘧啶U替換為胸腺嘧啶T，而發(fā)生甲基化的胞嘧啶C保持不變。通過Bisulfite處理序列與參考序列的比對，可對全基因組甲基化情況進行定量分析。 全基因組甲基化測序可用于研究物種特定DNA區(qū)域甲基化與特定表型之間的關(guān)聯(lián)，并進一步研究環(huán)境、營養(yǎng)以及其他因素對特定基因甲基化的影響，為人類疾病的發(fā)生、治療，以及動植物分子育種等提供研究基礎(chǔ)。 1、實驗方案 平臺：Illumina NextSeq 500或HiSeq 3000 PE150 數(shù)據(jù)量：推薦測序深度30~50× （所測物種須有全基因組參考序列） 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）高效快速：借助高通量測序平臺可以快速檢測出全基因組的甲基化情況； （2）性價比高：相對于傳統(tǒng)的 PCR+Sanger測序方法，費用少； （3）檢測精度高：單堿基分辨率，精確分析每一個C堿基的甲基化狀態(tài)。 3、數(shù)據(jù)分析 3.1 標準信息分析 （1）按標準流程進行數(shù)據(jù)整理及數(shù)據(jù)質(zhì)量評估； （2）Bisulfite測序序列與參考基因組比對； （3）甲基化位點檢測； （4）全基因組甲基化水平統(tǒng)計：CG、CHG、CHH的甲基化水平； （5）染色體水平甲基化分布統(tǒng)計； （6）不同基因組功能元件甲基化分布統(tǒng)計； （7）CpG、CHG 和CHH 甲基化比例統(tǒng)計； （8）差異性甲基化區(qū)域分析（DMR）； （9）全基因組甲基化圖譜繪制。 3.2 高級信息分析 根據(jù)客戶具體研究進行的個性化分析。 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）人類早期胚胎全基因組水平的DNA甲基化圖譜的繪制 來自北京大學(xué)、哈佛大學(xué)等機構(gòu)的研究人員采用全基因組亞硫酸氫鹽測序法（whole-genome bisulfite sequencing），對從合子期到植入后的人類早期胚胎甲基化組進行了系統(tǒng)分析。研究人員證實，不同于以往在小鼠研究中觀察的結(jié)果，主要一波全基因組去甲基化是在2-細胞期完成。并且父方...
RRBS Reduced Representation Bisulfite Sequencing（RRBS）是一種準確、高效、經(jīng)濟的DNA甲基化研究方法，通過MspI酶識別CCGG酶切位點處理DNA，富集啟動子及CpG島區(qū)域，并進行 Bisulfite處理和高通量測序，同時實現(xiàn)DNA甲基化狀態(tài)檢測的高分辨率和測序數(shù)據(jù)的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點，與基因表達、表型性狀息息相關(guān)。 RRBS作為一種高性價比的甲基化研究方法，在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500或HiSeq 3000 PE150 數(shù)據(jù)量：推薦5G clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）精確度高：在其覆蓋范圍內(nèi)可達到單堿基分辨率，見下表； （2）重復(fù)性好：多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性高達85%-95%，適合多樣本間的甲基化差異分析； （3）檢測范圍廣： 覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過5百萬個CpG位點； （4）性價比高：測序區(qū)域更有針對性，數(shù)據(jù)利用率更高。 表1 三種甲基化研究技術(shù)比較 甲基化研究方法 Bisulfite-Seq RRBS MeDIP-Seq 覆蓋范圍 全基因組 主要集中在CpG島和promoter區(qū)域 全基因組范圍，但是傾向于高CpG密度和高甲基化區(qū)域 原理 Bisulfite處理 酶切+Bisulfite處理 抗體富集 分辨率 1bp 1bp 100-1000bp 數(shù)據(jù)量 ≥30X 基因組 3G、5G 4G 鑒定MDR的數(shù)量 多 多 少 ...
CLIP-Seq CLIP- Seq，即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序（crosslinking-immunoprecipitation and high-throughput sequencing），是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。 主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后，回收其中的RNA片段，經(jīng)添加接頭、RT-PCR等步驟，再對這些分子進行高通量測序和生物信息學(xué)的分析，從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義。 最近幾年，這項技術(shù)也被應(yīng)用到miRNA靶標鑒定等工作中。在動物體內(nèi)，成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物（RISC），結(jié)合于靶mRNA的3"-UTR 區(qū)，阻止所結(jié)合的mRNA的翻譯或直接降解靶miRNA?；谶@一原理，我們可以通過CLIPSeq技術(shù)來進行mRNA靶基因的篩選。CLIP-Seq方法的應(yīng)用能夠非常明顯地降低miRNA結(jié)合位點的假陽性預(yù)測頻率，并且減小miRNA結(jié)合位點搜尋空間的范圍，可以在全基因組范圍內(nèi)鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結(jié)合位點。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：20M clean reads 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：與CLIP芯片相比，可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定； （2）高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽，可發(fā)現(xiàn)研究轉(zhuǎn)錄組上稀有的蛋白結(jié)合位點； （3）準確性高： 從活細胞交聯(lián)開始，反應(yīng)了體內(nèi)環(huán)境下真實的分子間相互作用； （4）特異性強： 紫外輻射不會造成蛋白和蛋白之間的交聯(lián)，只會鑒定出蛋白和 RNA 之間的相互作用； （4）應(yīng)用范圍廣： 特別適用于研究剪接因子RNA結(jié)合圖譜、miRNA作用靶點等研究。 3、數(shù)據(jù)分析 （1）將reads比對到基因組：將預(yù)處理reads與reference genome進行mapping，最后得到mapping的sam結(jié)果文件，給出mapping結(jié)果統(tǒng)計； （2）peak detect：應(yīng)用sam文件進行peak富集區(qū)查找； （3）motif detect：查找結(jié)合位點區(qū)結(jié)構(gòu)特性，尋找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的motif結(jié)構(gòu)； （4）基因關(guān)聯(lián)：應(yīng)用結(jié)合位點區(qū)位置，確定其周圍所涉及的基因； （5）關(guān)聯(lián)基因GO差異分析：以參考基因組為背景集對結(jié)合位點關(guān)聯(lián)基因進行GO富集分析。 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）依賴SIRT7去乙?；腢3-55K蛋...
RIP-Seq RNA Immunoprecipitation (RIP) 是研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。RIP-seq技術(shù)使用特異性抗體對RNA結(jié)合蛋白或者特殊修飾的RNA進行免疫共沉淀后，分離純化RNA，通過高通量測序和分析，深度解析與目標蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：20M clean reads 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：與RIP芯片相比，可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定； （2）高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標簽，可發(fā)現(xiàn)研究轉(zhuǎn)錄組上稀有的蛋白結(jié)合位點； （3）高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準確區(qū)分真實事件與噪音，精確定位蛋白結(jié)合位點； （4）重復(fù)性好：深度測序保證了檢測隨機性，可不需技術(shù)重復(fù)。 3、數(shù)據(jù)分析 3.1 標準信息分析 （1）將reads比對到基因組：將預(yù)處理reads與reference genome進行mapping，最后得到mapping的sam結(jié)果文件，給出mapping結(jié)果統(tǒng)計； （2）peak detect：應(yīng)用sam文件進行peak富集區(qū)查找； （3）motif detect：查找結(jié)合位點區(qū)結(jié)構(gòu)特性，尋找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的motif結(jié)構(gòu)； （4）基因關(guān)聯(lián)：應(yīng)用結(jié)合位點區(qū)位置，確定其周圍所涉及的基因； （5）關(guān)聯(lián)基因GO差異分析：以參考基因組為背景集對結(jié)合位點關(guān)聯(lián)基因進行GO富集分析。 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）Rocaglates把DEAD-box蛋白eIF4A運輸?shù)叫蛄羞x擇性翻譯抑制物 Rocaglamide A（RocA）代表一類能夠選擇性殺傷非整倍體腫瘤細胞和抑制特殊mRNA翻譯的蛋白合成抑制劑。RocA作用于真核起始因子4A(eIF4A)，一種ATP依賴性的DEAD-box RNA解旋酶；它的mRNA選擇性是作用于高度結(jié)構(gòu)化的5’非翻譯區(qū)，這一過程高度依賴于eIF4A-調(diào)節(jié)的解旋反應(yīng)。然而，美國加州大學(xué)分子與細胞生物學(xué)系研究人員利用Rip-seq技術(shù)研究發(fā)現(xiàn)：Rocaglate（藥物）治療也許并不能從表現(xiàn)形式上復(fù)制eIF4A活性的缺失導(dǎo)致的缺陷，因為這藥物實際上只是增加了eIF4A和RNA的親和力。特別說明的是5’非翻譯區(qū)的二級結(jié)構(gòu)對于RocA選擇性而言只是一個次要的決定因素，同時該RocA不會通過降低eIF4A有效性來抑制翻譯。相反，在體外和細胞中，RocA以ATP非依賴性的方式特異性地將eIF4A夾送到...
ChIP-Seq 染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是在體內(nèi)環(huán)境中研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實驗方法，廣泛應(yīng)用于組蛋白修飾、特定轉(zhuǎn)錄因子的基因調(diào)控作用等相關(guān)領(lǐng)域。隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展和成熟，染色質(zhì)免疫沉淀實驗與高通量測序的整合——ChIP-seq，可在全基因組范圍對蛋白結(jié)合位點進行高效而準確的篩選與鑒定，同時也為研究的深入開展打下基礎(chǔ)。 采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后，分離與其結(jié)合的基因組DNA片段，再通過高通量測序與數(shù)據(jù)分析，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白的DNA結(jié)合位點，并且可以基于多個樣品進行差異比較。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：20M clean reads 2、數(shù)據(jù)分析 2.1 標準信息分析 （1）與參考序列比對 （2）Peak分析 （3）Peak在基因功能元件上的分布 （4）Peak相關(guān)基因分析 （5）Peak相關(guān)基因的GO功能顯著性富集分析 （6）Peak相關(guān)基因的Pathway功能顯著性富集分析 （7）鑒定樣品間差異Peak （8）樣品間差異Peak的基因功能元件分布 （9）樣品間差異Peak相關(guān)基因分析 （10）樣品間差異Peak相關(guān)基因的GO功能顯著性富集分析 （11）樣品間差異Peak相關(guān)基因的Pathway功能顯著性富集分析 （12）motif結(jié)構(gòu)域預(yù)測 3、技術(shù)流程 4、案例分析 案例（1）FOXO轉(zhuǎn)錄因子作用位點特征 FOXO轉(zhuǎn)錄因子（FOXO）是控制物種壽命的中心調(diào)控因子，但是FOXO執(zhí)行特定的細胞功能，包括成人干細胞內(nèi)穩(wěn)和免疫功能。FOXO直接作用的靶點已經(jīng)在若干物種和細胞類型中鑒定得到。用meta分析從組織到生物體，以及哺乳動物，秀麗線蟲和果蠅的FOXO靶向位點的數(shù)據(jù)。結(jié)果表明，F(xiàn)OXO作用的特定細胞是與細胞特定功能的相關(guān)的。而且FOXO在脊椎動物和無脊椎動物中存在相同保守區(qū)域的作用位點。這些與生物生長，新陳代謝，抗壓力，蛋白質(zhì)平衡相關(guān)的保守區(qū)域的結(jié)合位點表明，這些生物可能擁有同一個祖先。 圖1 FOXO轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合組織特異性的共同靶點 圖2 FOXO轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合靶點維恩圖和保守性分析 案例（2） 肝受體X和PPARG在癌細胞增殖不同調(diào)控機制的定義 肝受體X（LXRs，NR1H2，NR1H3）和P...
CircRNA測序 環(huán)狀RNA（circular RNA）是近年來發(fā)現(xiàn)的一類特殊的非編碼RNA，它大量存在于真核細胞胞質(zhì)內(nèi)，是mRNA在剪接的過程中，上游exon的5’端與下游exon的3’端剪接到一起，從而形成的首尾相接的環(huán)狀分子。 研究發(fā)現(xiàn)，高等動物中環(huán)狀RNA的種類和含量遠遠超過預(yù)期。circRNA具有很多重要的調(diào)控功能，如circRNA可以作為競爭性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）結(jié)合胞內(nèi)miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。除此以外，circRNA也具有調(diào)控其他類型RNA、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)活性等功能。circRNA在不同物種中具有保守性和組織表達特異性，且circRNA對RNase不敏感，因此它比線性RNA更為穩(wěn)定，所以circRNA在疾病新型診斷與治療方法研發(fā)方面有巨大潛力和重要意義。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500或HiSeq 3000 PE 150 數(shù)據(jù)量：推薦8-12G clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）多物種選擇：可直接對人、大鼠和小鼠樣本進行最全面的circRNA分析，亦可發(fā)現(xiàn)新的circRNA（其他物種需特殊評估）； （2）高精確度：數(shù)字化信號，可預(yù)測到基因家族中相似基因以及不同可變剪切類型產(chǎn)生的circRNA序列信息； （3）高覆蓋度：新一代高通量測序技術(shù)的高深度覆蓋，可以檢測到低豐度的稀有circRNA。 3、數(shù)據(jù)分析 3.1標準數(shù)據(jù)分析 （1）參考序列比對分析 （2）circRNA鑒定 （3）circRNA 來源基因分析 （4）circRNA表達水平分析 （5）樣本之間差異表達的circRNA （6）差異circRNA篩選 （7）差異circRNA聚類分析 （8）差異circRNA來源基因GO富集分析 （9）差異circRNA來源基因KEGG富集分析 （10）miRNA 結(jié)合位點預(yù)測 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）環(huán)狀RNA促進結(jié)腸癌增殖和轉(zhuǎn)移 研究者對正常組織和腫瘤結(jié)腸組織樣本進行了circRNA測序，結(jié)果發(fā)現(xiàn)大量在腫瘤細胞中特異性升高的circRNA，其中一些circRNA得到了RT-PCR實驗結(jié)果的驗證。研究人員對其中一類新的circRNA——circCCDC66的功能進行了深入研究。結(jié)果表明circCCDC66在息肉和結(jié)腸癌中表達水平升高，并且與不良預(yù)后相關(guān)。通過在結(jié)直腸癌細胞系中進行功能獲得性研究和功能缺失性研究，研究人員證明circCCDC66能夠控制多個生理過程，包括細胞增殖、遷移、侵襲和...
小RNA測序 小RNA是一類高度保守的小RNA分子，它可以參與基因表達與調(diào)控、RNA的加工與剪切、蛋白質(zhì)翻譯、遺傳“入侵”抑制、配子發(fā)生等重要生物學(xué)過程，是生命活動中必不可少的調(diào)控因子。小RNA測序技術(shù)采用膠分離技術(shù)，收集樣本中18-30nt的RNA片段，利用高通量測序技術(shù)對樣本中所有small RNA家族進行測序和表達定量，從而解析miRNA 、siRNA 、piRNA 其它非編碼RNA等序列，并預(yù)測新的小RNA及其靶基因。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：推薦10M clean reads 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）通量高：一次測序得到上千萬條序列； （2）分辨率高：可以檢測小RNA單個堿基的差異； （3）精準度高：從幾個到幾十萬個拷貝精確計數(shù)； （4）可重復(fù)性好：深度測序保證了抽樣隨機性，重復(fù)性好，無需重復(fù)實驗； （5）檢測范圍廣：既能鑒定已知小RNA，又能發(fā)現(xiàn)新的小RNA。 3、信息分析 3.1 標準信息分析 （1）按標準流程進行數(shù)據(jù)整理及數(shù)據(jù)質(zhì)量評估； （2）樣品間的公共序列和特異序列分析； （3）小RNA與參考基因組比對分析； （4）按照優(yōu)先級將小RNA進行分類注釋 （5）Novel Small RNA預(yù)測； （6）樣本間miRNA差異表達分析； （7）已知miRNA的家族分析； （8）已知miRNA差異分析（≥2個樣本）和聚類分析（≥3個樣本）； （9）已知miRNA和novel miRNA的靶基因預(yù)測； （10）已知miRNA和novel miRNA的靶基因GO注釋和KEGG通路分析； （11）novel miRNA差異分析（≥2個樣本）和聚類分析（≥3個樣本）； （12）差異miRNA靶基因預(yù)測； （13）已知miRNA的堿基編輯分析； 3.2 高級信息分析 （1）snoRNA注釋 （2）piRNA注釋 （3）mir2disease注釋 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）小鼠早期胚胎發(fā)育過程中小RNA的動態(tài)變化及其生物學(xué)功能 該研究利用優(yōu)化的方法系統(tǒng)解析了小鼠卵子到受精后8細胞胚胎發(fā)育過程中的小RNA動態(tài)變化，發(fā)現(xiàn)小鼠卵子和早期胚胎主要包含三類小RNA：endo-siRNA、piRNA和miRNA。受精卵中的這三類小RNA絕大多數(shù)來源于卵子，由精子帶入卵子的小RNA不足幾百分之一。隨著胚胎的發(fā)育，母源endo-siRNA和piRNA逐漸被緩...
