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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是指對單個細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，并對獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序主要用于在全基因組范圍內(nèi)挖掘基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，尤其適用于存在高度異質(zhì)性的干細(xì)胞及胚胎發(fā)育早期的細(xì)胞群體。與活細(xì)胞成像系統(tǒng)相結(jié)合，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析更有助于深入理解細(xì)胞分化、細(xì)胞重編程及轉(zhuǎn)分化等過程及相關(guān)的基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的另一應(yīng)用領(lǐng)域是發(fā)現(xiàn)亞細(xì)胞成分的基因表達(dá)譜，例如對在神經(jīng)元的軸突或樹突部分特異表達(dá)的基因分析。 轉(zhuǎn)錄組測序是利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，能夠全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，進(jìn)行疾病與正常樣本間的基因表達(dá)差異分析、可變剪切和融合基因分析，尋找與癌癥、遺傳病相關(guān)的致病基因，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。相對于傳統(tǒng)芯片而言，無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，具有分辨率高、檢測范圍廣和準(zhǔn)確率高的優(yōu)點(diǎn)。 1、實(shí)驗(yàn)方案 測序策略：Illumina NextSeq 500或 HiSeq 3000 PE150 數(shù)據(jù)量：推薦8G clean data 2、技術(shù)優(yōu)勢 （1）精準(zhǔn)分選：先進(jìn)分離技術(shù)，真正的單細(xì)胞測序 （2）高靈敏度：領(lǐng)先的微量核酸擴(kuò)增技術(shù), 全面檢測低至單個細(xì)胞的基因信息 （3）擴(kuò)增均一：采用SoLo擴(kuò)增技術(shù)，cDNA合成效率高，無擴(kuò)增偏好 3、信息分析 3.1 標(biāo)準(zhǔn)信息分析 （1）按標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行數(shù)據(jù)整理及數(shù)據(jù)質(zhì)量評估； （2）與參考序列比對，計(jì)算不同基因的RPKM值； （3）基因的差異表達(dá)分析； （4）樣本間基因表達(dá)水平的相關(guān)性分析（僅限于有生物重復(fù)的樣本） （5）樣本間差異基因韋恩圖及PCA分析 （6）差異基因的表達(dá)模式聚類分析 （7）差異表達(dá)基因GO功能富集分析； （8）差異表達(dá)基因Pathway顯著富集分析 （9）差異表達(dá)基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析； （10）條件特異表達(dá)； （11）鑒定基因的可變剪切； （12）SNP/InDel 分析； （13）新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測及注釋； （14）融合基因分析（僅限于人）； 3.2 高級信息分析： （1）基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化（只針對真核生物） （2）RNA編輯 （3）差異基因的轉(zhuǎn)錄因子分析（適用于植物） 4、技術(shù)流程 5、案例分析 案例（1）單細(xì)...
