技術介紹
m6A是轉錄后調(diào)控中重要的表觀遺傳修飾方式，該甲基化過程通過Writers（m6A甲基轉移酶）、Erasers（去甲基化酶）和Readers（識別甲基化酶）的調(diào)控作用在腺嘌呤A的第6位氮原子上，具有影響基因表達、RNA剪接、RNA穩(wěn)定和蛋白翻譯等功能。
meRIP-Seq是目前分析m6A修飾分布的最常用測序技術，該方法將抗體依賴性m6A修飾區(qū)域富集與高通量測序相結合，可以高效地在全轉錄組范圍內(nèi)檢測m6A的存在。
應用方向
1.構建全轉錄組m6A修飾圖譜；
2.識別m6A修飾富集區(qū)域及其關聯(lián)基因；
3.分析m6A修飾差異區(qū)域及其關聯(lián)基因；
4.與轉錄組、翻譯組、蛋白組等組學數(shù)據(jù)關聯(lián)分析，挖掘m6A影響基因功能的具體機制。
技術優(yōu)勢
1.樣品起始量低：
Total RNA起始量低至20μg。
2.全轉錄組信息覆蓋：
獲得全轉錄組范圍m6A修飾富集區(qū)域及其關聯(lián)基因信息。
3.先進的測序平臺：
采用DNBSEQ技術測序平臺，結果更可靠。
4.一站式服務：
提供樣品處理、建庫、測序和分析的全套服務，更可以提供多組學聯(lián)合分析。
技術流程
送樣建議
樣本來源：人、大鼠和小鼠（其他樣本類型請咨詢）。
1.新鮮或凍存組織樣本≥10mg；
2.新鮮或凍存細胞系樣本≥107cell；
3.RNA總量≥20μg，濃度≥200ng/μL。
實測數(shù)據(jù)
經(jīng)典案例
圖 3 通過比較DNA甲基化、METTL3 TAP ChIP-Seq和meRIP-Seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)多個m6A富集基因的啟動子區(qū)內(nèi)CpG島和METTL3富集區(qū)域一致，提示RNA的轉錄后修飾可能與其他的表觀遺傳調(diào)控機制存在關聯(lián)，也提示了meRIP-Seq數(shù)據(jù)與其他組學數(shù)據(jù)進行多組學分析的重要性
參考文獻：Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues[J]. Nature cell biology, 2019, 21(5): 651-661.
本文利用m6A-meRIP-seq技術獲得了21個胎兒組織m6A分布圖譜，確定了m6A的組織間差異以及這種差異對組織特異性基因功能的影響，證明m6A與組織內(nèi)關鍵基因穩(wěn)定性正相關；
除了mRNA，本文還詳細報道了lincRNA中m6A分布特點，發(fā)現(xiàn)增強子lincRNA富含m6A修飾；組織上m6A修飾區(qū)域通常富含與常見疾病數(shù)量性狀和復雜性狀表達相關的SNP，這可能會影響m6A修飾；最后，發(fā)現(xiàn)m6A修飾優(yōu)先占據(jù)富含CpG啟動子的基因?？傊?，本研究揭示了m6A過程受到遺傳變異和啟動子的廣泛調(diào)節(jié)，以及在人類發(fā)育和疾病中的廣泛參與而起到重要作用。
